Die Ursprünge von Miso sind nicht klar definierbar, aber es scheint gesichert, dass die Paste entweder aus Korea oder China nach Japan kam. Manche Historiker datieren dies auf die Zeit kurz vor der Einführung des Buddhismus in Japan, also in den Jahren zwischen 540 und 552.[4]

Die ersten schriftlichen Aufzeichnungen, die das Vorhandensein von Miso in Japan bestätigen, stammen aus der Nara Periode (710 – 784). Im Jahr 760 wurden Notizen, die sich auf fermentierte Lebensmittel beziehen, in einem Sammelband (Man’yoshu), das frühe japanische Lieder und Gedichte beinhaltet, hinterlassen. In den folgenden Jahren wurde für die Herstellung der Miso-Paste immer weniger Sojabohnen verwendet, stattdessen nahm der Anteil von Reis oder Gerste zu.

Zuzeiten der Kamakura Periode (1185–1333) wurde Miso Teil des empfohlenen buddhistischen Lebensstils zur gesunden und ausgewogenen Ernährung. Als Hungersnöte das Land heimsuchten und in Vorbereitung dessen wurde mehr und mehr Miso als Lebensretter eingelagert.

Erst in der folgenden Muromachi Periode (1336–1568) wurde durch den Ausbruch von sozialen Missständen und Bürgerkriegen in Japan das große Potenzial von Miso als nahrhaftes Lebensmittel für die Versorgung der Samurai erkannt. Takeda Shingen veranlasste aus diesem Grund seine Gefolgschaft und Bauern dazu, seine Ländereien mit Sojabohnen zu bepflanzen und sie zu Miso zu verarbeiten.

Während des 16. Jahrhunderts entstanden erste Geschäfte, die die verschiedenen regionalen Miso-Pasten anboten. Die Paste wurde für das japanische Volk verfügbar und zum anderen durch sinkende Preise erschwinglich.

In der Edo und Tokugawa Periode (1603–1867) stieg der Verbrauch von Miso weiter an und trotzdem wehrten die vielen kleinen Miso-Hersteller sich in große Betriebe zusammenzuschließen. Auf der einen Seite war der Transport über lange Strecken beschwerlich, wodurch lokale Anbieter bestehen blieben und auf der anderen Seite gehörte es zur Tradition, Miso selbst im Kreise der Familie herzustellen und einzulagern.

Zu dieser Zeit revolutionierten europäische Forscher das Feld der Fermentation in Japan, indem sie wirkungsvolle Werkzeuge und Methoden einführten. Der erste messbare Fortschritt war im Jahr 1904 die Extraktion und Vervielfältigung des Kōji-Organismus (Aspergillus flavus var. oryzae), der das sogenannte Starterferment für die Miso-Produktion darstellt.

Einen Rückschlag für die Weiterentwicklung stellen die Jahre des Zweiten Weltkriegs dar, wobei die Herstellung und der Verkauf stark reglementiert wurde. So wurden staatlich festgeschriebene Preise und Qualitäten festgelegt: Auf dem Markt waren ausschließlich die drei Sorten Reis-, Gersten- und Sojabohnen-Miso in den Qualitätsstufen exzellent und mittel anzubieten.

Mit der anschließenden Modernisierung der Produktionsprozesse wurden die regionalen Hersteller und ihr traditionelles Miso stark verdrängt. Nur wenige sind ihren hölzernen Gefäßen und Werkzeugen treu geblieben, aber seit den 1970ern wird die Forderung nach authentischen Lebensmitteln wieder größer. Sogar hausgemachtes Miso ist wieder häufiger anzutreffen.
Hauptsächliche Nährstoffe des Miso sind: Eiweiß, Vitamin B2, Vitamin E, verschiedene Enzyme, Isoflavone, Cholin und Lecithin. Aufgrund dieser Inhaltsstoffe werden die Vorteile von Miso für die menschliche Ernährung häufig von Nahrungsmittelfirmen hervorgehoben. Auch ein hoher Gehalt an Vitamin B12 wurde häufig betont, was sich jedoch als falsch herausstellte. Für den Menschen verwertbares Vitamin B12 kommt nicht natürlich in Miso vor.